三合一刷卡机查询余额的操作步骤如下：打开POS机，不插入银行卡，按下绿色键（确认键）显示菜单；根据菜单提示，按下“3”查询，然后按下“2”查余额，接着按下“1”查询余额；屏幕显示“正在拨号”时插入银行卡；屏幕提示“请输入密码”后，输入银行卡密码。
POS机通过安装在信用卡的特约商户和受理网点中，与计算机网络连接，实现电子资金的自动转账，它具备消费、预授权、余额查询、转账等功能，操作、便捷、可靠，POS系统的引入，主要目的是解决零售业在信息管理方面的盲点，提高经营效率。
在申请办理银联POS机时，商户需要确保所有必要的证件齐全，如果证件不完整，应尽快补办相关证件，许多公司和个体工商户由于缺少银行开户许可证和组织机构代码证，无法成功办理银联POS机。
POS机使用完毕后，内部信息不会保留，您的数据都存储在支付公司的数据库中，即使他人拿到您的机器，也无法获取您的信息或往您的POS机中刷钱，如果您仍感不安，可以将POS机损坏后再丢弃，并联系办理POS机的机构注销机器，长期不使用的POS机也应进行注销。