黄晓军于1987年毕业于中山医科大学医疗系；1992年获得北京医科大学获医学博士学位；1997—1998年在美国阿尔伯特·爱因斯坦医学院肿瘤研究中心从事血液恶性肿瘤新的研究；2005年任北京大学血液病研究所所长 ；2007年获得“国家杰出青年科学基金”资助；2012年入选“科技北京百名领军人才”；2013年入选“国家百千万人才工程”；2017年3月入选“中国十大医学新闻人物”；2022年当选为中国医学科学院学部委员；2023年当选法国国家医学科学院外籍通讯院士；2023年11月，当选为中国工程院院士。
黄晓军教授长期聚焦白血病等其他恶性血液疾病的前沿研究和临床，创建骨髓移植中国科学新方案—“北京方案”，解决了“供者来源匮乏”这一世界性医学难题，使亲属成为移植供者的概率由不足25%上升至接近；显著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率从约20%升至70%左右。北京方案改变了世界半相合移植“不可逾越”的传统观念，使半相合移植成为白血病一线方案，促进了全球白血病和骨髓移植学科的在近20年的长足进步。
黄晓军，男，1964年生，汉族，江西省南丰县人，北京大学人民医院血液病研究所所长，主任医师、教授。
1987年毕业于中山医科大学医疗系。
1992年于北京医科大学获医学博士学位。
1997年-1998年在美国Einstein医学院肿瘤研究中心从事血液恶性肿瘤新的研究。
1989年开始从事血液病临床及实验研究，对造血干细胞移植技术及其各种合并症、各种急慢性白血病的诊断有丰富的临床经验。率先探索并完成了人类白细胞抗原(HLA)不合/单倍体HSCT(hematopoieticstem cell transplantation)的临床和实验研究;在国内早成功开展了非血缘HSCT，创立并完善了非血缘HSCT的技术体系;领导了非清髓HSCT的临床工作;对HSCT后复发白血病的传统技术进行了改造。
是个感染指南的执笔者及制定者之一。
2007年担任国家杰出青年科学基金项目负责人，创新团队带头人。负责承担国家自然科学基金国家“863”基金、“985”基金、北京大学211基金、卫生部基金、教育部博士点和“新世纪人才”等多项基金。发表论文100多篇，综述10多篇，专著10部。1996年被评为硕士研究生导师，1999年获北京市医务工作者，2003年获北京市五、四青年称号，被评为博士生导师。2005年被评为教育部“新世纪人才”。在2006年获中华医学科技奖二等奖，2008年卫生部吴杨奖获得者，2008年中国医师奖获得者。