北京儿童医院共有在职职工3210人，其中医生968人，护士1325人，医技462人。正高级职称292人，副高级职称380人，中级职称692人。医院拥有中国现代儿科学奠基人诸福棠、中国儿童血液肿瘤学开创者胡亚美、中国小儿外科创始人之一张金哲等国内儿科界仅有的三位院士，以及突出贡献专家、享受政府特殊津贴人员、新世纪百千万人才工程人选、国家杰出青年科学基金获得者等众多高层次人才。
北京儿童医院积极发挥学科龙 头作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前理事单位成员已达57家。医院与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡等国家的儿童医疗机构和科研院所建立了良好的关系和广泛的合作，是科技部认定的儿童重大疾病国际科技合作基地。
北京儿童医院精神科一直坚持心理健康应该从娃娃抓起。在儿童心理健康领域做了大量探索的工作，其中以脑与认知神经科学为主。先后承担和参与了一系列重大的儿童神经发育领域的科研项目。
2019年1月由中国医师协会和医师报主办的推动行业前行的力量——第四届《医师报》医学家峰会推选国家儿童医学中心首都医科大学附属北京儿童医院精神心理科荣获2018年中国健康公益星十大公益医院/科室奖。