北京同仁医院以医院综合医疗为主体，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所为附属科研机构，形成 “一院三所”发展格局，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为国家临床重点专科，中医眼科学为中医重点学科。
北京同仁医院作为首都医科大学第四临床医学院，医院承担着重要的教学任务;首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在医院内。医院现有研究生学位点28个，其中博士学位点13个;硕士研究生导师163名，其中博士研究生导师67名，国家住院医师规范化培训专业基地16个。2012年以来，医院获批项目(课题)243项，获省部级及以上(含社会力量奖)31项，其中国家奖3项。
眼底外科主要针对眼底疾病进行诊疗，包括但不限于视网膜疾病、黄斑病变、青光眼等。这些疾病在眼底外科中都有专门的诊疗方法，包括治 疗、激光治 疗、手术治 疗等。如视网膜脱离通常需要进行手术治 疗，而黄斑病变可能需要或者激光治 疗，青光眼则可能需要、激光或者手术治 疗。眼底外科是关注眼底疾病的专科，对于这些疾病的诊治都有专门的方法和手段。
北京同仁医院眼底科现已发展成为我国规模大、技术力量强的眼底病手术专科。多年来在国内始终保持黄斑疾病手术量首 位。在黄斑部疾病、各种视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、高度近视眼底病变、早产儿视网膜病变、眼内肿瘤等主要眼底疾病的诊治水平均处于国际先 进水平。