北京大学第六医院门诊设有普通门诊、专家门诊、特需门诊、中西医结合门诊、神经内科门诊、多专家会诊以满足不同层次、不同问题患者的就诊需求;还设有进食障碍、成瘾行为、睡眠障碍、记忆障碍、行为分析治 疗、精神疾病康复咨询、心理、老年儿童等相关专业门诊，以满足就诊者对专科或特殊方向的咨询和治 疗需求。
健康教育和自助团体在精神康复中具有十分重要的作用，发动患者和家属参与到精神疾病康复的全过程是北京大学第六医院的医疗特色之一。多年来我院定期举办戒酒互助会(AA)、痴呆患者家属联谊会、精神分裂症家属联谊会、老年期痴呆家属联谊会、抑郁症患者自助团体、进食康复联谊会、强迫症患者生活发现会等活动。北京市孤独症儿童康复协会也挂靠我院，定期组织孤独症儿童家长培训班和家属联谊活动。以上团体组织的各项活动为改善患者生活质量，提高其社会功能和社区再适应奠定基础。
在精神药理学研究领域，药理研究室结合基础与临床资源，开展精神疾病的新药研发、病理机制及其临床学研究工作。在情感障碍研究方向，采用先进的分子遗传学、神经生物学、精神药理学及功能影像学等技术或理论，对情感障碍进行系列开拓性研究，并取得重要成果。
北京大学第六医院的老院（简称“北大六院”）坐落在花园北路，和旁边的北医三院相比，显得十分狭小。然而，这里却是精神专科医院的医院之一，收治来自全国的精神科疑难杂症，也是临床医学生进一步选择精神科专业的学习首府。