根据相关法律规定，农民工工资保证金确实可以使用金融机构出具的保函来替代。《保障农民工工资支付条例》第三十二条明确指出，“工资保证金可以用金融机构保函替代”，这意味着除了传统的现金缴存方式外，还可以通过保函的方式来满足这一制度的要求。
农民工工资保函是指担保人（银行、保险机构或专业担保公司）应承包商申请，保证其在劳务用工合同项下或根据工程所在地政府相关要求，按时、足额向参与工程建设的施工人员支付工资的书面承诺，缓解企业财务压力，保障农民工工资的如期、足额、及时发放。
投标人在中标后签订的合同中规定，承包人委托银行向业主出具的由业主按合同规定向承包人支付一笔工程预付款，及时用于实施项目的保证函件（即A委托B向C作出担保，担保内容是C按合同约定向A支付的预付款确实在用于项目的实施）。
履约保证金不同于定金，履约保证金的目的是担保承包商完全履行合同，主要担保工期和质量符合合同的约定。承包商顺利履行完毕自己的义务，招标人必须全额返还承包商。履约保证金的功能，在于承包商违约时，赔偿招标人的损失，也即如果承包商违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。