化粪池主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
清理要求
（1）粪便转运站(场、码头)设施应完好、整洁。转运的粪污水应密闭贮存于贮粪池内。贮粪池应符合防渗漏、防臭气扩散和防蝇的要求，并设置防火、防爆设施。
（2）贮粪池内的粪便应及时转运，不得外溢。
（3）输粪管道应完好、畅通，闸阀应严密，无破损、滴漏。
（4）转运作业时，粪便不得污染水体和作业场地。冲洗作业场地的污水应经适当处理，排入污水管网或收集池，不得直接排入附近水体。
（5） 将人力收集车的粪便转运到机动车时，应保持转运作业的紧密衔接，不得任意将粪罐、粪桶、手推粪车停放在主要道路上。
（6）卸粪时应谨慎操作，不得将粪便泼洒在卸粪口周围地面。作业结束，应及时清洗卸粪口及作业场地。
（7）粪便转运站(场、码头)应有灭蝇措施。在可视范围内，苍蝇不超过3只/次，无蛆，臭味不超过4级。
正式施工
1、仪器检查化粪池内是否有毒气，在没有毒气的情况下组织车辆抽运化粪池内的漂浮物，漂浮物抽运完成后用污水泵将化粪池里面的水排出。
2、二次处理利用高压清洗车把沉淀的粪便及污泥稀释，把隐藏在化粪池底层的毒气排放出来，然后将化粪池内的污水排干，仪器再次检测池内是否有毒气。
3、作业人员系带、消防软梯、配带长管呼吸器下井作业。
4、将化粪池下面的沉淀物打包处理，利用电动升将设备升井，然后放入密封推车外运（这样可保证施工现场和外运路段的卫生问题）。
5、作业人员下井作业必须2小时更换一次（循环作业）。
6、清理标准：水面无漂浮物，池壁基本清洁，作业现场基本卫生保障。
7、外运要求：做到每天产生的垃圾进行装袋，运离施工现场，进行消纳。