王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 .王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律。
截至2021年8月，王永钧已发表论文200余篇，主编、参编《肾脏病专家门诊》《中西医结合肾脏病学》《中医临床内科学》《中医临床肾脏病学》等学术专著9部。截至2021年8月，王永钧已领衔完成国家“十一五”科技支撑计划、国家科技部“八五”“十五”项目等多项重大课题。
截至2022年7月，王永钧已指导培养出数十位肾病学科的领军人物，包括5位肾病专/学科带头人，4位国家名老中医专家学术指导老师，5位浙江省名中医，12位杭州市名中医。王永钧曾任浙江中医药大学硕士和博士生导师，已指导培养博士8名、硕士21名，培养继承人6名，他们中多人分别获得中国中西医结合特殊贡献奖，中国中西医结合青年贡献奖，全国百名杰出中医等。
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