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在北京市办理第二类医疗器械资质主要包括以下步骤：

首先，企业需要向北京市食品药品监督管理局（以下简称“药监局”）提交相关申请材料。申请材料按照目录顺序排列并装订，质量管理体系文件部分应单独成册。具体所需材料包括：企业法人营业执照副本复印件、企业章程、企业法定代表人和技术负责人的任职文件、股东大会或董事会对两人的任命决议、两人的职称证书、身份证件复印件、固定办公场所的土地、房屋产权证明或租赁证明，以及设备机具的购置发票、照片等。

其次，药监局将对企业提交的申请材料进行审核。审核通过后，企业将获得第二类医疗器械经营许可证。

需要注意的是，北京市医疗器械注册人制度试点工作期间，参加试点的北京市受托生产企业可凭药监局出具的医疗器械注册人试点工作书面意见，按照相关要求和流程申请办理或变更《医疗器械生产许可证》。

总的来说，办理第二类医疗器械资质是一项复杂的工作，需要企业按照相关法规和规定，准备好所有必要的申请材料，并确保材料的完整性和准确性。只有这样，才能顺利地完成资质办理工作。