身份认证管理功能：电子商业汇票系统应具备识别接入点银行身份的功能，以确保银行业金融机构（以下简称商业银行）行内系统与电子商业汇票系统之间各类业务活动的不可否认性、数据完整性及传输保密性，以接入点银行准入、退出管理规则为依据，以接入点数字证书的新增、变更、废止为手段，包括依据规定受理接入点银行申请，进行接入点信息维护等具体事项。
登记存储功能：电子商业汇票系统能对每一笔电子商业汇票的票据行为、融资行为、结算行为和纸质商业汇票票面内容及流转过程等信息进行登记，并在数据库中存储。
电子商业汇票系统，通过该模块可为各行客户签发的电子商业汇票实行集中登记存储，并提供互联互通的流通转让平台，实现电子商业汇票各项业务流程的电子化。
商业汇票是出票人签发的，委托付款人在指定日期无条件支付确定的金额给收款人或票据的持票人。办理商业汇票必须注意下列事项：
（1）办理商业汇票必须以真实的交易关系和债权债务关系为基础，出票人不得签发无对价的商业汇票用以骗取银行或其他票据当事人的资金。
（2）商业汇票的出票人，应为在银行开立存款账户的法人以及其他组织，与付款人（即承兑人）具有真实的委托付款关系，并具有支付汇票金额的可靠资金来源。
（3）签发商业汇票必须依《支付结算办法》第78条规定，详细记载必须记载事项。
识别真假商业汇票首先要认清商业汇票的特征，真商业汇票需要具有7项特征：一是商业汇票由中国人民银行在批准的印刷厂统一印制，具有统一规定格式、联次、颜色和规格。二是在紫光灯下商业汇票在规定的位置应有人民银行行徽或各专业银行行徽的荧光反应。三是商业承兑汇票的票号以二位英文字母冠首，其后是八位阿拉伯数字；银行承兑汇票是以分式冠首，上面是两位英文字母，下面是两位阿拉伯数字，分式后是8位阿拉伯数字。四是商业汇票的票号是以渗透性油墨印制，正面为黑色，字迹清晰、端正、间隔相等；反面为浅红色，整个号码区域用手摸有明显凹凸感。五是大写金额红水线栏使用水溶性荧光油墨，在紫光下有荧光反应。六是商业汇票在白光的照射下，显现出满版水印，银行承兑汇票和商业承兑汇票水印内容不同。七是商业汇票的背面有二维标识码，在紫光下有微弱荧光反应。