CRCC实行主任负责制，设有综合业务部、机车车辆事业部、基础设施事业部、城轨装备事业部和申诉监理部等5个专业部门以及相应的后勤保障部门。

2001年4月，铁道部决定在铁道部产品质量监督检验中心的基础上成立铁路产品认证中心(简称CRCC)，并以铁科教函[2001]97号文向原国家质量技术监督局提交了“关于申请组建中国铁路工业产品质量认证机构的函”，经审查，2002年10月29日中国国家认证认可监督管理委员会向中铁铁路产品认证中心颁发了“认证机构设立批准通知书”，批准号为CNCA-R-2002-102。

基础部以铁道部标准计量研究所为基础，主要包括：铁路行业标准化研究室、铁路专用计量室、国家轨道衡计量站、国家铁路罐车容积计量站。

质检部以铁道部产品质量监督检验中心为基础，主要包括质检业务管理室和机车车辆检验站、铁道建筑检验站、通信信号检验站、金属化学检验站、接触网零部件检验站、运输包装检验站、卫生检验站等7个检验站。