履约保函：是由担保人为施工方(申请人)向业主(受益人)提供的，保证施工方履行工程建设合同规定的相关责任和义务的保函。如果承包商不履行合同，业主可要求保证人在保函金额内承担保证责任。保证人在承担保证责任后，可依法向承包商追偿。担保公司提供的履约保函一般为有条件的保函，即在业主提出索赔时必须提供承包商违约的证明，保证人核实后才承担保证责任。履约保证担保也可以适用于分包合同、材料设备供货合同的履行。
预付款保函：是指担保人（保证人）根据申请人（合同中的施工方）的要求向受益人（合同中的发包方）开立的，保证一旦申请人未能履约，或者未能全部履约，将在收到受益人提出的索赔后向其返还该预付款的书面保证承诺。
预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
预付款保函与履约保函的区别：
履约保函是为了保证中标单位如约履行工程合同的内容
预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
也就是说这是两个不同的保函，都是要交的。因此从某一个角度也能体现施工单位的经济实力。
不过不用担心，作为预付款的保函既然是为了保证预付款的，就不像履约保函那样一定要到工程全部建设结束，合同内容履行完毕之后才退还给你。通常是约定保证预付款用在合同上就可以退还了。只是在工程建设前期冻结在银行，后面就解冻了。