纳税人信息资料的收集、整理。包括：基本信息(如纳税人成立、开业的时间、合同、章程等)、纳税人财务制度(包括财务管理制度、资产管理办法等)以及财务报表、纳税申报表等材料。
审计项目分析与评价。运用分析性复核办法，对涉及各税种的审计项目进行趋势、比率及比较分析，寻找可能存在问题的领域，为确认重点审计项目提供依据。
审计项目的确定。通过上述资料的收集、整理与分析，拟定审计项目，审计覆盖率和重点，详见《审计项目确认工作底稿》。
编制审计计划。根据所确定的审计项目，编制详细的审计程序，完成《审计程序表》;合理调配、组织人员，明确分工，做好时间预算。
下发《审计通知书》。根据上述的计划与安排，填写《税务审计通知书》，至少提前三天，将所要进行审计的内容、具体时间、地点、审计人员所需审计的有关纳税资料和要求纳税人配合事项等通知纳税人。
现场实施阶段。对纳税人单位的税务状况及各类税务报表等材料进行具体审查，对期间发现的问题进行详细记录。
纳税审计的主要任务有：检查被审单位的产品销售收入、纳税数额、税率利用、减税和免税等项目； 监督企业正确计算产品销售收入或计税价格； 对纳税进行鉴定，查明税率使用是否正确，计算应缴纳税金是否合理； 审查免税的审批手续是否正确，减税率是否合理； 督促被审企业遵照规定及时交纳税金，不得延误，等等。