主要是恢复操作系统、文件系统层的数据。这种丢失主要是软件逻辑故障、病毒木马、误操作等造成的数据丢失，物理介质没有发生实质性的损坏，一般来说这种情况下是可以修复的，一些专用的数据恢复软件都具备这种能力，如winhex，rstudio等。在所有的软损坏中，系统服务区出错属于比较复杂的，因为即使同一厂家生产的同一型号硬盘，系统服务区也不一定相同，而且厂家一般不会公布自己产品的系统服务区内容和读取的指令代码。
数据库系统或封闭系统恢复：
这部分系统往往自身就非常复杂，有自己的一套完整的保护措施，一般的数据问题都可以靠自身冗余保证数据。如SQL、Oracle、Sybase等大型数据库系统，以及MAC、嵌入式系统、手持终端系统，仪器仪表等系统往往恢复都有较大的难度。
硬件故障数据恢复
硬件故障占所有数据意外故障一半以上，常有雷击、高压、高温等造成的电路故障，高温、振动碰撞等造成的机械故障，高温、振动碰撞、存储介质老化造成的物理坏磁道扇区故障，当然还有意外丢失损坏的固件BIOS信息等。
硬件故障的数据恢复当然是先诊断，对症下药，先修复相应的硬件故障，然后根据修复其他软故障，终将数据成功恢复。
电路故障需要我们有电路基础,需要更加深入了解硬盘详细工作原理流程。机械磁头故障需要100级以上的工作台或工作间来进行诊断修复工作。另外还需要一些软硬件维修工具配合来修复固件区等故障类型。