控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
积累残留在热水器中的水杂质对皮肤有害，敏感型肌肤的人用含有杂质的水洗浴还可能感染皮肤病。清洗热水器能清楚杂质，更加呵护您的肌肤；避免水垢积累过多，造成真空管热量难以散发而发生爆炸，定期清洗能大大降低爆炸事故的发生率。
声学除垢法：声学除垢技术是在太阳能热水系统的设备内部激发和维持声频震荡，同时将声波传递给水介质进行除垢。超声波（1200～2500HZ）能使管道及设备的旧积垢逐渐剥落，并使硬度盐在水中结晶、并生成无粘性的粉末沉淀。
长时间以来，我们忽略了对太阳能的清洗，由于水质要素，致使许多的水垢和水锈堆积其间。大大降低了太阳能的功率和热效率，浪费能量达1/3以上，由于长时间积存水垢，不只浪费动力，而且还构成不风险，水垢致使受热不均构成炸管，堵塞管道，水循环减速，水温降低。具科学研究证明，水垢主要成分为钙，镁化合物，其他还富含多种有害的汞，镉，铅，砷等有害人体的元素。