小作坊加工许可证办理主要有以下几方面困难：

1、生产场地：取生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求人流物流要分开防止交叉污染，配备设备，通风系统，采光等都有严格要求。

2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.

3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.