高新技术企业专项审计，是依据高新技术企业认定办法相关规定，对近三年的研发费用支出情况及高新技术产品（服务）收入情况进行审计，出具审计专项报告。该报告主要用于企业申办高新技术企业或高新技术企业复审使用。提供给科委、财政、税务、工商单位及管理层和董事会等相关。

无论是研究开发费用，还是高新技术产品(服务)，在专项审计中都涉及高新技术的识别。注册会计师不是高新技术领域的专家，《专项审计指引》为此做了如下规定：

(1)恰当界定研究开发项目、高新技术产品(服务)的具体范围是申报企业的责任。

(2)申报企业技术负责人与企业法定代表人、财务负责人共同签署《管理当局声明书》。

但《专项审计指引》也规定，制定总体审计策略时，应当清楚地说明向具体审计领域调配的资源，包括就复杂的研究开发项目技术问题利用专家的工作。

要求识别和评估申报明细表层次以及各类交易、列报认定层次的重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险需要从整体上加以判断，比如，申报企业不能提供研究开发项目的相关计划与实施方案、研究开发记录，申报明细表整体上就可能存在重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是凌驾于内部控制制度之上时，很可能伪造或篡改编制申报明细表所依据的会计记录或相关文件。

对于市场中的企业来说，其大多知晓企业申请成为高新技术企业的重要意义。并且，企业申请成为高新技术企业，具备诸多好处和优势。因此，很多符合条件和要求的企业，都会有着申请成为高新技术企业的意愿与诉求。而这，就需要开展高新技术企业审计。