税务代理的一般程序按其性质大体可分为三个阶段：即准备阶段、实施阶段、代理完成阶段。
准备阶段是纳税人、扣缴义务人向税务代理机构提出税务代理时，税务代理机构要对要求代理方的有关情况进行调查，在此基础上确定是否接受该项代理业务。双方在充分协商取得一致意见后，签定委托代理协议书，约定代理内容、代理权限和代理期限。税务代理机构在受理某项代理业务后，应确定税务代理风险，编制税务代理计划、安排实施代理工作。
实施阶段是税务代理全过程的中心环节，其工作是按照代理计划，根据委托代理协议书约定的代理事项、权限、期限开展工作。
代理完成阶段是实质性的代理业务结束，此阶段的工作主要是整理代理业务工作底稿，编制有关表格，并将有关资料存档备查。
纳税人、扣缴义务人可以根据需要委托税务代理人进行代理、单项代理或临时代理、常年代理。
税务代理是一项社会性中介事务，税务代理必须遵守以下三项基本原则：
1.依法代理原则
法律、法规是任何活动都要遵守的行为准则，开展税务代理首先必须维护国家税收法律、法规的尊严，在税务代理的过程中应严格按照法律、法规的有关规定履行职责，不能超越代理范围和代理权限。只有这样才能既保证国家的税收利益，维护税收法律、法规的严肃性，又保护纳税人的合法权益，同时使其代理成果被税务机关所认可。因此，依法代理是税务代理业生存和发展的基本前提。
2.自愿有偿原则
税务代理属于委托代理，税务代理关系的产生必须以委托与受托双方自愿为前提。纳税人、扣缴义务人有委托和不委托的选择权，也有选择委托人的自主权。如果纳税人、扣缴义务人没有自愿委托他人代理税务事宜，任何单位和个人都不能强令代理。代理人作为受托方，也有选择纳税人、扣缴义务人的权利。可见，税务代理当事人双方之间是一种双向选择形成的合同关系，理应遵守合同中的自愿、平等、诚实信用等原则。税务代理不仅一种社会中介服务，而且是一种专业知识服务，因而税务代理人在执行税务代理业务时也应得到相应的报酬，这种报酬应依照国家规定的中介服务收费标准确定。
3.客观公正原则
税务代理是一种社会中介服务，税务代理人介于纳税人、扣缴义务人和税务机关之间，既要维护纳税人、扣缴义务人的合法权益，又要维护国家的税收利益。因此，税务代理必须坚持客观公正原则，以服务为宗旨，正确处理征纳矛盾，协调征纳关系。在税务代理过程中，既要对被代理人负责，又要对国家负责，代理行为既要符合国家法律、法规的规定，又要符合被代理人的意愿，而不能偏向任何一方。
税务代理的相关法律关系主要是指纳税人，扣缴义务人委托代理记账税务师办理纳税事宜，从而产生一定的委托方以及受托方之间所存在的权利、义务以及责任关系。
代理记账税务师根据委托方的名义进行相关的代理工作，在相应的代理过程中所产生的法律后果都应当直接归属委托方，税务代理的相关法律关系的确定主要是根据委托代理协议书的签订作为标志的。
税务代理的法律责任一般被分为委托方的法律责任以及受委托方的法律责任。
委托方的主要法律责任是纳税人除了应当根据规定来承担本身应当承担的税收法律责任以外，，还应当依照规定向受委托方支付一定金额的违约金以及赔偿金。
受委托方的相关法律责任，代理人不履行职责而且还给被代理人带来损害的应当及时承担相应的民事责任。税务代理如果因为工作的失误或者没有按时完成税务代理事务等未能履行税务代理职责，给委托方造成了不必要的损失，这些都应当由受委托方来负责。代理人知道被委托代理的事项违法，仍进行代理活动的，以及被代理人知道代理人的代理行为违法的话，并没有表示反对的话，由被代理人以及代理人负连带责任，根据相关的固定，注册税务师以及被代理人如果存在相互勾结、偷税抗税、共同违法，应当根据共同违法论处，双方都应当承担法律责任，如果涉及刑事犯罪的话，还要移送相关的司法部门进行依法处理。
税务代办指代理人接受纳税主体的委托，在法定的代理范围内依法代其办理相关税务事宜的行为。 税务代理人在其权限内，以纳税人(含扣缴义务人)的名义代为办理纳税申报，申办、变更、注销税务登记证，申请减免税，设置保管账簿凭证，进行税务行政复议和诉讼等纳税事项的服务活动。