清理化粪池应当制定作业许可程序、作业规程、措施和应急预案，明确作业负责人、作业人员和外部监护人的职责;2、检查清理化粪池工作场所时，可能产生二氧化碳、硫化氢等有毒气体的场所，须悬挂防中毒警示标志。
清理化粪池作业现场应告知工人危险因素，作业现场应有检测有害气体浓度和含氧量的手段。作业人员应配备符合实际需要的便携式报警器、氧气呼吸器或长管呼吸器，以及救援带、救援索等防护装备。
化粪池一般有三个井盖，每个井盖上都有两个小洞，清理化粪池得把每个井盖上的小洞打开后在隔半个小时或者一个小时。再用铁钩把井盖打开，打开后在用消防水往每个井口里冲洗半个小时左右。这样能使化粪池里的沼气减少很多。
经过三个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为稳定的无机物，易腐生污泥转化为稳定的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥的含水量。定期清理和运输污泥进行填埋或用作肥料。
可以说化粪池变废为宝，但在日常生活中，化粪池里总会堆积一些废物，无法完全分解。这时候化粪池时间长了会堵，不及时处理会污染环境。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。