其责任主要是承包商应在规定的期限内偿还预付款。预付款保函的期限由双方共同商定。预付款一般逐月按工程进度从工程支付款中扣还，而预付款保函的金额将逐月地相应减少，开具保函时应注意写明。
当承包商在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。
预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
总结：预付款保函就是甲方为了防止乙方拿了预付款不干活而找银行做出的一种担保，一旦乙方违约，甲方就可以拿着预付款保函找银行赔偿。
预付款保函，其实是履约保函的一种，名称特指预付款而已；有些工程，甲方会预先支付施工单位的开工预付款，但是担心施工单位拿钱不办事，甚至卷款而逃，此时就需要提供预付款保函对甲方的利益进行保障。
预付款保证担保是指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。以防止施工方在收到业主的预付款后将款项挪作他用或宣布破产等。当施工方在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。
预付款保函的作用作用：担保人向业主开具预付款保函后，业主才能根据合同规定，按合同总价的10%～15%（具体按照双方协议）预付给承包人，以便中标人购买有关设备材料等。其责任主要是承包商应在规定的期限内偿还预付款。预付款保函的期限由双方共同商定。预付款一般逐月按工程进度从工程支付款中扣还，而预付款保函的金额将逐月地相应减少，开具保函时应注意写明。预付款是有正反作用的，好的一面是，当施工单位拿到预付款，会更积极的开展工作，而且由于不垫资，不存在资金断裂的风险，从而更保障工程的顺利建设；坏的一面是，如果施工单位心态不好，觉得反正钱已经进口袋了，做事就开始变形，拖拖拉拉甚至找理由要更多的钱。