预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
开具保函后，投标人或承包人应及时向招标人、业主送达或通过当地银行代交保函。 保函的递交方式，主要有招标人或承包人亲自递交、邮寄、银行传递等。有的合同规定，招标人或业主为保护自身利益，只接受当地银行开出的保函。如果委托人与当地银行没有业务往来关系，又无资金存入当地银行时，则可以先在我国或第三国的银行开具保函到当地银行，再由当地银行向招标人或业主签发保函。应注意的是，不管用何种方式递交银行保函，都应该要求招标人或业主等在收到保函后，出具收到保函的证明文件。
在保函有效期内，经办人要密切与担保银行的联系，随时向担保银行提供足以证明合同义务履行的文件、资料，要求逐步减少担保金额或注销担保金额。 如有的合同是一次性履行合同义务，当一次性的合同义务履行完毕后，经办人应尽快将有关文件送给担保银行，并声明拒绝招标人的任何索赔，必要时还可要求担保银行通知招标人或业主。如有的合同是多次履行合同义务的，则每履行完其中一项义务后，经办人就应当向银行提供一次文件（提单、发票、完工证书、验收证明等），并要求递减担保金额，以拒绝招标人对这一项义务的索赔。企业的业务部门和财务部门应密切配合共同完成这项工作，以防止或减少对外经济合同中产生的不必要纠纷和不应当承担的赔偿。
因为正常的银行保函是需要在该银行有一定存款做为保证金的，如果申请人违约了，银行在向招标人支付违约金的同时，也会从投标人的帐户中扣除相应的保证金。但是由于大多数投标人并没有多余的资金存在银行帐户，而且存了钱的银行也不一定能够开保函，因此，投标人很难自己直接从银行申请办理保函。预付款保函和预收款退款保函的区别：预付款保函时施工方开给业主的，业务见函付预付款，施工方则要按照施工合同施工，若施工方违约，开函行将会将保函金额对应金额赔付给业务。预收款退款保函顾名思义方向相反，是业务开给施工方的，目前这种用到的比较少。