担保公司保函的取得较为容易，费用也较低，但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门如建委等批准，因而其出具的保函也只在本地区内被承认。
银行保函，由于其出具方的专业金融性质和实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强。所以，许多大型的工程招标过程中，甲方会指定要求乙方出据银行保函而非担保公司保函。与之相对应的是，银行保函的取得过程相对公司保函而言要求更为严格，基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。
目前国内银行保函大多用担保公司在银行授信开出，能开银行履约保函的，基本上只有建行，平安，光大等。部分招标文件要求开到基本户，涉及到银行保函的转开，只能建行操作。
通过担保公司办理银行保函不需要存全额保证金，只需要缴纳很低一部分费用即可。银行保函办理周期更长，费用相对更高。担保公司保函出函速度更快，费用低，办理灵活。
担保公司保函(商业保函）业务办理流程
一、委托人向担保公司提供相关基本资料；
（1）公司营业执（三证合一的）；
（2）企业资质证书；
（3）招标文件（提供电子版）；
（4）中标通知书；
（5）施工合同（封面、协议部分）；
（6) 大北京地区的实名管理通知书。
注：（资料1-6项适用于民工工资保函；资料1-4项适用于履约保函、业主支付保函；资料1-5项适用于预付款保函。如有合同，则无需提供招标文件和中标通知书）
二、签订委托担保保证合同。
三、缴纳担保费。
四、出具保函。
五、定期做保后管理。
公司保函和商业保函是一个意思，指出具保函的机构是商业担保公司。它的对应词是银行保函，指出具保函的机构是银行。
办理要求：
1 商业投标保函仅需招标文件电子版和营业执照扫描件，出函速度高于银行保函。
2 商业履约保函，预付款保函，质量保函，和农民工工资支付保函等，一般免收取保证金，只收取担保费，且收费极低于银行保函，因此，在能同时使用银行保函和商业保函的情况下，大家都优先选择商业保函。
商业保函：商业保理是一整套基于保理商和供应商之间所签订的保理合同的金融方案。
商业保理合同是指不论是否出于融资目的，供应商为实现应收账款分户管理、账款催收、防范坏账中的一项或多项功能，将已经或即将形成的应收账款（以下简称“应收账款”，根据上下文也可能指部分应收账款）转让给保理商的合同。
我国商业保理行业发展现状分析 商业保理发展规模 中投顾问在《2016-2020年中国商业保理行业深度调研及投资前景预测报告》中指出，我国新增商业保理公司数量、保理业务量和融资余额等主要指标连续多年保持成倍增长态势。 截至2015年12月底，全国共有注册的商业保理企业2514家，其中2015年新设立的商业保理公司1294家，新增企业数量是2014年的1.44倍。2015我国商业保理融资业务量超过2000亿元，较2014年增长了1.5倍。按照总体开业比例20% 计算，500余家已经开业的商保理公司2015年大约服务了31500家中小企业，平均每家中小企业客户获得保理融资额为635万元，商业保理正在成为中小企融资的重要渠道之一。