无菌室一般为4 — 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。

无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照30分钟。

供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球外表面。

每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。

当前无菌室多存在于微生物工厂，一般实验室则使用超净台。超净台其主要功能是利用空气层流装置排除工作台面上部包括微生物在内的各种微小尘埃。通过电动装置使空气通过过滤器具后进入工作台面，使台面始终保持在流动无菌空气控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流动的气帘防止外部带菌空气进入。

微生物检验用器材及场所必须进行或处理，不同的对象采用不同的处理方法

1． 高压蒸汽: 工作服、口罩、稀释液等，置高压锅内，一般采用121℃半小时,当然不同的培养基有不同的要求,应分别处理

2． 火焰：接种针、接种环等可直接火焰

3． 高温干燥： 各种玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小时

4． 一 般: 无菌室内的凳、工作台、试管架、天平、待检物容器或包装均无法进行，必须用其他方法进行处理，采用2%石炭酸或来苏儿水溶液擦拭，工作人员的手也用此法进行

5． 空气的： 开启紫外灯照射30—60分钟 即可。