外挂式过滤器 ：外观一般为盒状，通常自带有水泵，一般用于中小或小型鱼缸使用，因体其积小、水流强度不高、不会占用缸内空间。维护方面比较方便。能常商家叫这为瀑布式过滤系统，效果不太理想，但是袖珍美观，一般推荐10升以下的水族箱使用。
底部式过滤器：利用底砂砂层作为大体积的滤材(渗流滤层)，通过铺设在砂层下的进水管道网，经由沉水水泵抽水，达到物理过滤及生化过滤的目地(原理类似于沉水式过滤器)因滤体较大，所以维护间格时 间较长，但维护极为不便。效果不错，缺点是安装较麻烦，还有草缸无法使用，会照成底肥的严重流失。
沉水式过滤器：在沉水式水泵下方进水口处直接装上置有滤棉或深化棉的滤盒(桶)维护简便，过滤设备价格便宜。此种过滤系统是水族商们经常推荐的，因o 其兼有过滤及增氧效果。但是其实际效果没有那么理想。用的时间长了，对于鱼缸内的杂志清除效果不佳。
过滤系统包括两方面，一方面是生化过滤，另一方面是物理过滤。
生化过滤：是以培养为主的过滤方式。
我们常见的就是水妖精(气动式过滤器)以及上流行的气举。其原理就是以多孔隙的滤材上形成高氧区、水流体，用以培养硝化。
物理过滤：是以抽取缸中肉眼可见废物。
通过较致密的过滤物，也就是我们常用的过滤棉，用以阻断大颗粒的废物再次回到缸内。物理过滤过程中也包含有生化过滤过程，因为过滤棉上也会培养硝化生长。常见的就是上滤。