鱼缸不大，养鱼过多或者是过滤器的功率小，不能完全过滤污物，绿藻生长也会很快。
喂食过多，鱼吃不完饲料，饲料在水中腐烂，水质过度营养化，使水中更快积累氨等物质，经过硝化，会转换成硝酸盐，硝酸盐是水草和水藻的重要肥料，水中含有很多硝酸盐的话，水藻也会狂长。
鱼缸里的水会因鱼类的粪便、食物残渣、水草腐叶而受到污染。在人们想象中将水中看得见的悬浮物过滤掉，使水保持清澈透明就已达到目的，其实这仅仅只是过滤的初级功能，我们通常称之为机械过滤。现代的观赏鱼缸过滤应是同时具有机械过滤和生物过滤，有时还需要物理过滤。其中尤为重要的是生物过滤。所谓生物过滤，就是通过附着在滤材上的，将溶解在水中的有害物质分解或转化为无害物质。物理过滤则是利用某些材料特有的吸附功能使水净化。物理过滤只在特殊情况下短时间使用，如为了去除水中的剩余药剂等。
滴流与渗流： 滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。 渗流式过滤 ，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
外置式过滤器(过滤桶)：桶状结构，水泵一般置于桶盖中，有IN和OUT两个管道，经由IN口管道从鱼缸中抽取水，在过滤桶内进行物理和生化过滤过程，再经由OUT口出水管流回鱼缸中，滤体较大，但清洗起来不便，建议大家半年左右清洗一次。