实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。

洁净室按空气清洁程度分类，如果无尘室的等级只用尘粒数目来叙述，则可假设尘粒的尺寸为0.5μm，例如，1级、10级、例如100级无尘室尘埃粒子数目分别小于或等于1颗、10颗、100颗。如果尘粒尺寸不是0.5μm，无尘室等级应以在一特定尘粒尺寸的级数来表示，分别分为1级、10级、100级、1000级、10000级、100000级，数值越小，净化级别就越高。洁净度越高造价就越高。

洁净室是指将一定空间范围内之空气中的微粒子、有害空气、等之污染物排除,并将室内之温度、洁净度、室内压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内,而所给予特别设计之房间。亦即是不论外在之空气条件如何变化,其室内均能俱有维持原先所设定要求之洁净度、温湿度及压力等性能之特性。

万级无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气自净。内间面积2 ×2.5＝5m2，外间面积1 × 2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台远的位置上，外间的门也用拉门，要设在距内间zui远的位置上。在分隔内间与外间的墙壁或 "隔扇 "上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。