新的查验系统主要流程包括前置作业、现场查验、综合处置、后置作业。整体海关查验作业包括查验指令下达、查验移箱作业、机检查验作业、人工查验作业、查验异常处置等五大模块功能。系统将原有的海关和检验检疫查验重叠作业环节进行了优化整合，实现了海关与检验检疫的一次布控和一次查验，同时该系统设置了后续处置的作业模块，可以对异常情况分类进行后续处置等操作。
“机检+人工”查验是新系统中新出现的一种查验模式。过去机检查验就是海关利用大型集装箱检查设备对集装箱装载货物进行扫描成像，通过图像分析判断实货与申报是否相符的查验手段。因以往海关实施的机检查验不需要开箱检查，在海关与检验检疫的查验工作合并后，对于检验检疫的查验，则必须对部分商品实施开箱查验。因此，海关对于此类查验实施预设指令，也就是对被布控的货物部分集装箱可能需要机检，部分集装箱可能需要直接人工。当然，在海关通过机检查验的过程中，认为货物有违规嫌疑的，也可以继续转人工查验。
新查验系统实施后，企业应该注意海关的“”口岸事中”和“目的地事中”的查验指令是不同的。